Un gène «code barre» dans les orchidées et les autres plantes

Publié le par M@rtine

... identifié par des scientifiques
 
Lu sur le site Cordis

Une équipe internationale de scientifiques a découvert un gène «code barre» qui peut servir à différencier la plupart des espèces végétales de la planète. Ce gène peut aider les chercheurs à cataloguer les plantes dans les zones riches en espèces ainsi qu'à surveiller le commerce des espèces végétales menacées d'extinction.
 
Ces travaux, partiellement financés par l'UE, sont publiés en ligne par la revue PNAS (Proceedings of the National Academies of Science).CypriCalc.jpg
 
Le codage barre de l'ADN est une technique dans laquelle les différences observables à un endroit précis du génome servent à identifier les différentes espèces. Cette technique est bien implantée dans le règne animal; cependant, il n'existe pas à l'heure actuelle de codes barre universellement acceptés pour les plantes. Le défi pour les chercheurs consiste à trouver une séquence du génome qui varie fortement d'une espèce à l'autre mais très peu par contre au sein d'une même espèce.
 
Lors de ces travaux récents, des chercheurs du Royaume-Uni, d'Afrique du Sud et du Costa Rica on testé huit codes barre potentiels sur plus de 1600 espèces végétales provenant de deux sites particulièrement connus pour leur biodiversité: l'Amérique centrale et l'Afrique du Sud. Le Costa Rica possède une des flores les plus riches en orchidées au monde; certaines espèces d'orchidées sont souvent difficiles à distinguer à l'oeil nu, elles constituent par conséquent des candidates idéales pour tester les codes barre ADN. Les orchidées sont également menacées par la déforestation et le commerce illégal. Elles devraient donc profiter des applications du codage barre ADN en matière de préservation des espèces.
 
Le parc national Kruger en Afrique du Sud est particulièrement réputé pour son gros gibier. Il abrite également quelque 600 espèces d'arbres et de buissons; en outre, la région environnante possède la plus grande diversité d'arbres au monde en région tempérée.
 
Les analyses ont montré qu'une section du gène dit «matK» remplit toutes les conditions d'un code barre ADN potentiel. La séquence diffère d'une espèce à l'autre, mais est pratiquement identique dans les plantes de la même espèce. Le code barre est si précis que les scientifiques ont même pu l'utiliser pour résoudre une énigme récurrente.
 
De l'avis de nombreux experts en orchidées, l'une des espèces officielles d'orchidées du Costa Rica rassemblait en réalité deux espèces différentes en son sein. Les recherches sur le gène matK ont vérifié l'hypothèse des experts; ces orchidées appartenaient bien à deux espèces différentes.
 
À terme, les chercheurs espèrent créer une base de données génétique des séquences de gènes matK du maximum d'espèces possible, afin de pouvoir comparer et identifier de façon précise les échantillons par rapport à la base de données.
 
«À l'avenir, nous aimerions voir cette idée de lecture des codes barre génétiques des plantes traduites sous forme de dispositif portable, et donc utilisable dans n'importe quel environnement. Tout ADN matK d'échantillon de plante pourrait être analysé rapidement et facilement puis comparé à une vaste base d'informations, permettant ainsi une identification pratiquement instantanée», a déclaré le Dr Vincent Savolainen de l'Imperial College de Londres et du Royal Botanic Gardens de Kew (Royaume-Uni).
 
Même s'il ne risque pas de voir le jour avant quelques années, ce type de dispositif pourrait remplir un grand nombre de missions. «Pensez au grand nombre de circonstances dans lesquelles l'identification taxinomique traditionnelle des espèces végétales n'est pas envisageable d'un point de vue pratique. Dans les ports ou les aéroports par exemple, lorsqu'il s'agit de vérifier le caractère légal ou non d'un transport d'espèce, ou dans des lieux tels que le Costa Rica, où la simple profusion d'un seul groupe de plantes, comme les orchidées, rend difficile un catalogage précis», a expliqué le Dr Savolainen.
 
Toutes les orchidées sont répertoriées dans l'annexe 2 de la convention CITES (pour Convention on International Trade of Endangered Species, ou convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore menacées d'extinction), si bien que leur commerce requiert un permis spécial. Cependant, les espèces les plus menacées, comme les orchidées appelées «sabot de Vénus» en Amérique centrale, sont répertoriées dans l'annexe 1, ce qui signifie que leur commerce est interdit.
 
Les chercheurs ont réussi à montrer que les deux groupes ont des codes barre différents.
 
Néanmoins, les scientifiques signalent que pour profiter pleinement du codage barre ADN, celui-ci devra être étendu à tous les pays. «Pour que le codage barre ADN remplisse sa mission, il doit de toute urgence être étendu aux pays à grande biodiversité mais pauvres en ressources par le biais de programmes d'équipement et de financement judicieux», ont recommandé les chercheurs.
 
L'UE a contribué à ces travaux via le projet HOTSPOTS («Understanding and conserving the Earth's biodiversity hotspots»), financé au titre du domaine d'activités dénommé «Actions Marie Curie - ressources humaines et mobilité» du sixième programme-cadre (6e PC).
 

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Cath la Cigale 10/02/2008 11:47

L'ADN quelle méthode ou découverte (je ne sais quel mot employer...) révolutionnaire pour tout répertorier.... mais au moins comme ca, plus de traffics... enfin presque hélas !

M@rtine 10/02/2008 19:16

C'est vrai que ces techniques d'identifiaction sont vitales pour la protection des espèces en danger...

patricia 11 10/02/2008 09:51

On ne répètera jamais assez combien sont importantes, la recherche et la passion. Commerce interdit  " du sabot de vénus " ?Mais...on en trouve dans le commerce ! non ?Merci pour le lien sur les pleiones.

M@rtine :0026: 10/02/2008 19:14

Oui Patricia, mais ceux que l'on trouve à la vente sont des plants nés en laboratoire et non ceux cueillis sur leurs sites naturels...